O Paip está organizado e estruturado com a seguinte divisão: Núcleo Central de Monitoramento, Acompanhamento, Avaliação e Intervenção Pedagógica (Nupaip Central), Núcleo Regional de Acompanhamento, Monitoramento, Avaliação e Intervenção Pedagógica (Nupaip Regional) e suas respectivas unidades escolares por Diretoria Regional de Educação (Direc).

•    Nupaip Central é o núcleo responsável pela implantação e coordenação do Paip, considerando todas as ações do Nupaip Regional e das unidades escolares.  O Nupaip Central é composto pela Coordenação Geral - composta pela Superintendente e Diretores da Superintendência de Desenvolvimento da Educação Básica (Sudeb), assessorados por técnicos representantes de suas diretorias e consultores e por 13 Coordenações de monitoramento, acompanhamento, avaliação e intervenção pedagógica.

•    Nupaip Regional é o núcleo responsável por coordenar todas as ações desenvolvidas pelas unidades escolares dentro do Paip, priorizando desde alimentação dos sistemas da Secretaria da Educação do Estado da Bahia até o planejamento, acompanhamento e intervenção pedagógica voltada para atender às metas estabelecidas pelo órgão central, a partir dos indicadores: frequência, abandono e rendimento escolar. O Nupaip Regional está dividido em 13 núcleos para acomodar as 33 Diretorias Regionais de Educação visando um melhor acompanhamento das atividades propostas. É formado pela equipe técnico-pedagógica da DIREC, coordenadores(as) da CODEB/DIREC, coordenadores(as) pedagógicos(as) das UE, coordenadores(as) de projetos e programas intersetoriais.

•    As unidades escolares são constituídas pelo(a) gestor(a) escolar, professor(a), estudante, coordenador(a), colegiado escolar, técnico-administrativo e secretário(a) escolar.