Em dezembro de 1996, a Lei de Diretrizes e Base da Educação (LDB) estabelece uma nova ordem no processo de organização dos sistemas de ensino, cabendo aos municípios oferecerem, com prioridade, o ensino fundamental e aos Estados oferecerem, com prioridade, o ensino médio. Essa nova ordem veio se consolidar com a regulamentação do Fundef, que submeteu o Estado à transferência automática de recursos próprios para os municípios.

O Programa de Ação e Parceria Educacional Estado-Município para Atendimento ao Ensino Fundamental propõe a democratização da gestão educacional, considerando que a aproximação da administração municipal das escolas e da comunidade possibilita o incremento de uma gestão participativa, favorecendo o desenvolvimento da educação, uma vez que torna possível levar em consideração, com mais clareza, os interesses e as preocupações da comunidade escolar e local.

Nos convênios celebrados entre Estado e Município, além da transferência das matrículas do Estado para os municípios conveniados, acontecem diversas ações de apoio, como a disponibilização dos prédios escolares, dos equipamentos, de professores, dentre outros.

Em relação à cessão temporária de pessoal docente, lotado nas escolas municipalizadas, o Estado assegura aos profissionais estaduais cedidos todos os direitos, vantagens e concessões previstas no Estatuto do Magistério Público do Estado da Bahia e no Estatuto dos Servidores Civis do Estado da Bahia, os quais só poderão ser movimentados por ato da Secretaria da Educação.